题主的困惑我深有体会。在工地摸爬滚打十几年，从施工员一路做到项目经理，最大的感受就是：工程这个行业，知道的越多，越觉得自己无知。
但"知识零散"不是能力问题，是缺少一个骨架来收纳。分享几个我用了很多年的方法，希望对你有用。
工程的核心是工序。从地基处理到主体结构，从装饰装修到竣工验收，每个工序都是一个知识节点。我建议按工序创建一个"知识文件夹"（物理的或电子的都行），把与这个工序相关的所有内容放进去：施工方案要点、质量控制标准、常见通病及防治、成本核算方法、工期控制措施等等。
举个例子，我对"钻孔灌注桩"这个工序的知识框架是这样的：
设备选型→泥浆指标控制→钢筋笼制作安装→混凝土灌注→桩头处理→检测验收→常见问题（塌孔、缩径、断桩）的处理方案。每一个分支下面再展开。有了这个框架后，再读到相关的文章、看到相关的案例、经历过相关的问题，就知道往哪个格子里填了。
干工程的，最不缺的就是经历。但从"经历了"到"沉淀了"，中间隔着一道复盘。每次关键工序结束后，问自己三个问题：
第一问：发生了什么？——客观记录事件经过，不带情绪，不做判断。比如"桩基施工时出现了塌孔"。
第二问：为什么发生？——分析根因。是泥浆比重不够、是护筒埋深不足、还是地下水位变化？
第三问：下次怎么避免？——形成可操作的行动指南。比如"粉砂层地质条件下，泥浆比重提高到1.25以上，护筒埋深增加2米"。
把这三个问题写成文字，就是你的知识沉淀。我自己的习惯是，每周挑一个本周最值得记录的事件写一次复盘，积累几年后回头看，会发现这些笔记成了最宝贵的资料库。
工程中遇到的问题，绝大多数不是全新的。你现在头疼的事，十年前就有人遇到过并解决了。关键是要能检索到。
我建了一个Excel表格，列了三个字段：问题描述、解决方案、参考来源。碰到任何一个技术或管理难题，先在表格里搜索一遍有没有类似的记录。没有就查规范、问前辈、上网搜，找到了解决方案就记下来，并附上参考来源（规范条文号、前辈的名字和职位、网页链接等）。
做了几年后，这个表格的价值远超想象——它就是一个定制版的"工程知识百科"，里面的每一个条目都是你用真金白银的教训换来的。
很多工程人觉得规范枯燥、看不懂。但规范和标准恰恰是整个工程行业的"底层逻辑"——所有的做法都有规范依据，所有的争议最终都要回到规范上来。
我的方法是以规范为纲，以实践为肉。先读规范的大框架（目录结构），了解这本规范覆盖了哪些内容，各章节之间的逻辑关系。然后在实践中遇到具体问题时，回到规范的对应章节精读。带着问题读规范，比空读效率高十倍。
当年为了搞清楚混凝土结构裂缝控制，我把《混凝土结构工程施工规范》GB 50666的相关章节反复读了五遍，每次带着手头的裂缝问题去查，读一遍有一遍的新收获。
说了这么多，如果只给一条建议，那就是：写出来。
不管是复盘的笔记、工序的总结、规范的心得，写出来才算真正消化。写的过程就是整理思路的过程。很多时候你以为你懂了，但当你试图用文字表达出来时，才发现逻辑上有漏洞、理解上有盲区。
不一定要写得多好、多全。今天写300字，明天写500字，一年下来就是十几万字的知识库。十年下来，你会感谢当初那个下笔的自己。